牯牛降国家级自然保护区位于祁门、石台两县交界处，是黄山山脉向西延伸的主体，年经省政府批准成立，年经国务院批准晋升成为安徽省第一个以森林生态系统为主的综合型国家级自然保护区，总面积.3公顷，主峰海拔.6米，主要保护对象为中亚热带常绿阔叶林以及珍稀动植物，被誉为“华东物种基因库”“绿色自然博物馆”。自保护区建立以来，牯牛降国家级自然保护区祁门管理站开拓创新，真抓实干，不断强化普查监测、资源保护和科普宣教，推动保护区各项管理工作再上新台阶。
加强监测促进科学管理。年，牯牛降保护区完成了第一次综合科学考察，其成果于年出版，历时较久，资源状况变化很大。为此，从年开始，历时三年多时间，牯牛降保护区又完成了第二次自然资源综合科学考察。据考证，牯牛降保护区内植物科种，属国家重点保护植物Ⅰ级2种、Ⅱ级12种，安徽省地方重点保护植物18种；脊椎动物种，属国家重点保护Ⅰ级6种、Ⅱ级24种，安徽省地方重点保护Ⅰ级22种、Ⅱ级26种。根据普查结果先后出版了《牯牛降蝴蝶》《祁门牯牛降森林生态系统野外监测大样地》《安徽牯牛降国家级自然保护区生物多样性及其保护策略》《牯牛降风光片》等，并且发表科研论文10余篇，为更好地保护自然资源提供决策依据。
加强保护促进资源增长。积极争取国家及省市项目资金，建设防火瞭望塔，完善基础设施设备，安装户外监控网络，运用红外线监测探头、无人机等先进智能技术，加强资源管理监测，更好守护牯牛降保护区。30多年来，牯牛降保护区面积未发生过变化、未发生森林火灾、未发生大的破坏森林资源的违法案件，自然生态环境日趋完好，生物种群稳定，森林蓄积量、森林覆盖率以及珍稀动植物主要保护对象呈增长态势。与年建立保护区时相比，活立木总蓄积由22万立方米增加到31万立方米，森林覆盖率由77％上升到97.96％，植物由种增加到种，脊椎动物由种增加到种。
加强科普促进和谐发展。加强自然科普教育，致力于站内标本馆、沙盘室、珍稀植物园科普基地的建设，不断升级标本馆、沙盘室，增添新的物种元素。珍稀植物园科普教育基地正在加快建设，珍稀植物园占地面积约30亩，园内收集国家级一级二级保护植物和牯牛降地区特色珍稀植物余种，旨在打造祁门具有标志性的科普教育基地，让人们更直观地了解安徽地区珍稀物种。同时，积极利用优势资源开展科普宣传教育活动，组织县内市民及学校师生到牯牛降保护区开展研学活动,通过参观标本馆和珍稀植物园，观看牯牛降保护区风光片，聆听自然资源保护知识讲座，提高大家对牯牛降保护区的认识，学习更多的自然科普知识，进一步增强热爱自然、亲近自然、保护自然的意识，促进人与自然和谐共生。
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